企业丢失税务登记证件后应在15日内向税务机关报告并在认可的报刊上登报声明，然后到主管税务机关申请补办。纳税人在解散、破产、撤销等情况下，应在办理注销登记前向原税务登记机关申报注销税务登记。被吊销营业执照或其他机关撤销登记的纳税人，也需在15日内向原税务登记机关申报注销税务登记。在办理注销税务登记前，纳税人需提交相关证明文件和资料，结清应纳税款等，经税务机关核准后方可办理注销手续。
法律分析
根据《税务登记管理办法》第三十九条规定：纳税人、扣缴义务人遗失税务登记证件的，应当自遗失税务登记证件之日起15日内，书面报告主管税务机关，如实填写《税务登记证件遗失报告表》，并将纳税人的名称、税务登记证件名称、税务登记证件号码、税务登记证件有效期、发证机关名称在税务机关认可的报刊上作遗失声明，凭报刊上刊登的遗失声明向主管税务机关申请补办税务登记证件。
综上，企业丢失税务登记证件的应在15日内报告税务机关，在税务机关认可的报刊上登报声明后，到主管税务机关申请补办。
根据《税务登记管理办法》第二十规定：纳税人发生解散、破产、撤销以及其他情形，依法终止纳税义务的，应当在向工商行政管理机关或者其他机关办理注销登记前，持有关证件和资料向原税务登记机关申报办理注销税务登记;按规定不需要在工商行政管理机关或者其他机关办理注册登记的，应当自有关机关批准或者宣告终止之日起15日内，持有关证件和资料向原税务登记机关申报办理注销税务登记。
纳税人被工商行政管理机关吊销营业执照或者被其他机关予以撤销登记的，应当自营业执照被吊销或者被撤销登记之日起15日内，向原税务登记机关申报办理注销税务登记。
第三十一条规定：纳税人办理注销税务登记前，应当向税务机关提交相关证明文件和资料，结清应纳税款、多退(免)税款、滞纳金和罚款，缴销、税务登记证件和其他税务证件，经税务机关核准后，办理注销税务登记手续。
结语
综上所述，根据《税务登记管理办法》的相关规定，企业在丢失税务登记证件后应及时向税务机关报告，并在认可的报刊上登报声明，然后向主管税务机关申请补办。对于纳税人发生解散、破产、撤销等情形，应在办理注销登记前向原税务登记机关申报注销税务登记。被吊销营业执照或其他机关撤销登记的纳税人，也应及时向原税务登记机关申报注销税务登记。在办理注销税务登记手续前，纳税人还需结清应纳税款、多退(免)税款、滞纳金和罚款，缴销、税务登记证件和其他税务证件，并经税务机关核准后方可办理注销手续。
法律依据
中华人民共和国企业所得税法实施条例（2019修订）： 第七章 征收管理 第一百二十四条 企业所得税法第五十条所称企业登记注册地，是指企业依照国家有关规定登记注册的住所地。
中华人民共和国城市维护建设税法： 第七条 省、自治区、直辖市可以决定对下列情形免征或者减征契税：
（一）因土地、房屋被县级以上征收、征用，重新承受土地、房屋权属；
（二）因不可抗力灭失住房，重新承受住房权属。
前款规定的免征或者减征契税的具体办法，由省、自治区、直辖市提出，报同级人民代表大会常务委员会决定，并报全国人民代表大会常务委员会和备案。
中华人民共和国契税法： 第十一条 纳税人办理纳税事宜后，税务机关应当开具契税完税凭证。纳税人办理土地、房屋权属登记，不动产登记机构应当查验契税完税、减免税凭证或者有关信息。未按照规定缴纳契税的，不动产登记机构不予办理土地、房屋权属登记。
