公司在休息日扣工资违反劳动法第三十六条、第三十，五十一条。
不可以。依据我国相关法律规定，劳动者是有休息时间的，在法定的休息时间内，是计算劳动报酬的，用人单位不得扣除休息日的工资。在法定的休息时间内，计算劳动报酬，用人单位不得扣除休息日的工资。劳动者可以向劳动行政部门投诉，由劳动行政部门责令限期补齐扣除的工资。用人单位应当保证劳动者每周至少休息1日。
法律依据：《中华人民共和国劳动法》
第三十六条国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。
第三十用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。
第五十条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
第五十一条 劳动者在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。
