补充侦查期限超了机关的处理方法：
1、第一次侦查超期的，可以在第二次侦查中处理；
2、第二次超过的，决定不起诉。补充侦查案件应当在一个月内完成。补充调查移送人民后，人民重新计算审查起诉期限。对二次补充侦查的案件，人民仍认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国刑事诉讼法》
第一百七十五条 人民审查案件，可以要求机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。
人民审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回机关补充侦查，也可以自行侦查。
对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民后，人民重新计算审查起诉期限。
对于二次补充侦查的案件，人民仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
