被告不同意原告撤诉处理方式如下：
1、在一审案件中，撤诉是原告的权利，原告行使权利的时候，无需经过被告的同意，只由加以审查，只要符合法定撤诉条件的，都会裁定准许；
2、在二审案件中，撤回上诉是上诉人的一项权利，分以下两种情况：
（1）如果只有（一审）原告一方提出上诉人案件，在二审过程中，上诉人（一审原告）提出撤回上诉时，无需经过被上诉人同意，由审查，符合法定撤回上诉条件的，会裁定准许撤诉；（2）如果一审原、被告双方不服原判，均提出上诉了，在二审过程中，上诉人（一审原告）提出撤回上诉的，对方（一审被告）不同意撤诉的，审查后，认为上诉人（一审原告）撤诉符合法定条件的，裁定准许撤诉。案件继续审理，此时上诉人为一审被告，已经撤诉的一审原告为被上诉人，继续参加二审审理；
3、在司法实践中，最希望看到的结果是当事人提出撤诉，这样案件就结束了。
法律依据：《中华人民共和国民事诉讼法》第一百四十五条
宣判前，原告申请撤诉的，是否准许，由人民裁定。人民裁定不准许撤诉的，原告经传票传唤，无正当理由拒不到庭的，可以缺席判决。
